施工图设计文件经审查合格后，审查机构应当（ ）。

根据教材规定，施工图审查合格后，审查机构应当出具《施工图设计文件审查报告》，并加盖审查专用章，作为施工和监理的依据。A选项施工许可证由建设行政主管部门颁发；C选项归档不是审查合格后的直接动作；D选项监理无需再次审查，审查是法定前置程序。